La fondazione della chiesa e del convento dei Domenicani, attribuita a frate Paolo da Mileto nel 1464, si colloca nella riorganizzazione urbana di Taverna, nell’area dell’antico Casale di S. Maria di Bompignano. Nel 1478 fu eretta la cappella di S. Sebastiano, nuovo patrono cittadino. Il terremoto del 1662 danneggiò l’edificio durante i lavori di ampliamento e decorazione interna ispirata a modelli di Mattia Preti. La ricostruzione, conclusa a fine XVII secolo, vide la realizzazione del nuovo altare di S. Sebastiano, con l’arrivo da Malta della grande tela di Mattia Preti raffigurante il Martire, unitamente ad altre sue opere, oltre al completamento del ciclo di affreschi con le Storie di S. Domenico, opera di Zoda e dei fratelli La Rosa.
Tra XVIII e XIX secolo la chiesa si arricchì di interventi decorativi di Cristoforo Santanna e di opere provenienti dall’Oratorio di S. Maria della Pietà, tra cui il gruppo marmoreo di Ortega e un altare ligneo con statue dorate. Nel 1867, con la soppressione degli ordini religiosi, la vita monastica cessò e il convento divenne sede pubblica. All’ampliamento seicentesco si lega l’Oratorio del SS. Rosario, con stucchi policromi e quindici tempere della bottega di Francesco Frangipane (1902), oggi restaurate. Nel 1904 l’argentiere Luigi Bernasconi realizzò la croce processionale. Nel 1970 un furto privò la chiesa di numerose opere, tra cui otto dipinti di Mattia Preti; il recupero (1972-73) diede avvio a un ampio restauro. Dal 1990 la chiesa monumentale di S. Domenico, pur mantenendo il culto, è parte conclusiva del percorso museale del Museo Civico di Taverna.